До строительства Краснодарского водохранилища низменные земли вдоль р. Кубани нередко подвергались катастрофическим навод­нениям. Попытки защитить жилые, хозяйственные строения и сельхозугодья с помощью примитивных сооружений из подручных средств желаемого результата не давали. Убытки исчислялись многими миллионами рублей.

За обозримую историю Кубани было зафиксировано более 100 катастрофических наводнений на р. Кубани, которые наносили огромный ущерб населению и экономике края. Бороться с наводнениями начали еще во второй половине XIX столетия путем строительства огради­тельных валов и дамб. Работы велись эпизодически при отсутствии проектной документации и производительной строительной техники. Катастрофический паводок 1966 года стал последним аргументом в пользу строительства Краснодарского водохранилища. В 1967 работы были начаты и в 1975 году водохранилище введено в эксплуатацию. С тех пор оно успешно предотвращает крупные наводнения в низовьях р. Кубани и по степени эффективности является одним из наиболее значимых водохозяйственных объектов в нашей стране.

Для реализации государственной программы по защите населения, инфраструктуры нижней Кубани от наводнений и освоению земель под интенсивное сельскохозяйственное использование по проектам института построены Краснодарское, Шапсугское, Октябрьское, Шенджийское, Варнавинское, Крюковское водохранилища и несколько гидроузлов.

Институтом разработаны проекты:

• подпорных сооружений на р. Кубани - Федоровский и Тиховский гидроузлы с рыбопропускными и судоходными сооружениями;
• головных сооружений оросительных систем с расходом воды до 330 м3/с;
• насосных станций с расходом воды до 70 м3/с.

Общая площадь запроектированных и построенных оросительных систем в Краснодарском крае и Республике Адыгея составила 480 тыс. га, в том числе 256 тыс. га рисовых.

Для обеспечения питьевой водой населения, сельскохозяйственных и промышленных предприятий Таманского полуострова, Старомин­ского, Щербиновского, Кущевского, Ейского районов и г.Ейска запроектированы и построены групповые водопроводы и водопроводные сети.

За последние 10 лет разработаны свыше 60 проектов по реконструкции противопаводковой системы обвалования рек Кубани и Протоки. Из них около 20 км берегоукрепительных и руслорегулирующих сооружений.

Ко дню своего юбилея институт стал ведущим предприятием по проектированию мелиоративных и водохозяйственных объектов, укре­плению морских и речных берегов на Юге России, объектам горного и морского туризма.